Forbudet gjelder alle studier ved alle landets universiteter, ifølge en kunngjøring fra utdanningsdepartementet tirsdag.
Ordren gis i et brev som er sendt til alle offentlige og private universiteter i Afghanistan.
«Dere er alle herved informert om å innføre den nevnte ordren om å avbryte kvinners utdanning inntil videre» står det i brevet, som er undertegnet av ministeren for høyere utdanning, Neda Mohammad Nadeem.
Forbudet mot å ta høyere utdanning kommer mindre enn tre måneder etter at tusenvis av jenter og kvinner fikk lov å ta eksamen på en rekke universiteter over hele landet. Mange av dem har hatt som mål å bli ingeniører eller leger.
Etter at Taliban overtok makten i landet i fjor sommer, har de nye myndighetene kraftig innskrenket afghanske jenter og kvinners mulighet til å skaffe seg utdannelse.
Jenter får ikke lenger gå på videregående skole, de får kun gå på skolen til og med sjette klasse.
Like etter maktovertakelsen i landet i august i fjor ble landets universitetet pålagt å innføre kjønnsdelte klasserom og innganger. Kvinner kunne bare undervises av kvinnelige lærere eller til nød eldre menn.
Tirsdagens kunngjøring ventes å bli møtt med sterk internasjonal kritikk.
(NTB)
